ePay.bg притежава от 2007 г. най-високия сертификат за сигурност от VISA и MasterCard.

ePay.bg прилага изискванията за сигурност на стандарта PCI DSS (Payment Card Industry Data Security Standard) при съхраняване, обработка и предаване на данни за плащания на картодържатели.